Si des vestiges gallo-romains subsistent au Purpurkopf, la naissance du village de Mollkirch reste étroitement lié au château de Guirbaden donnant sur la vallée de la Magel. De 1225 à la Révolution française Mollkirch appartenait à l'évêché de Strasbourg. Une révolte paysanne eut lieu en 1525 où les habitants se soulevèrent contre le seigneur de Rathsamhausen. En 1633 c'est les Suédois qui mettront à sac le village de Mollkirch. Puis la commune se reconstruit, elle vit essentiellement de l'exploitation de la forêt et de l'agriculture jusqu'au XIXe siècle où Mollkirch possède une armurerie et une scierie. Aujourd'hui Mollkirch fait partie du canton de Rosheim, dans l'arrondissement de Molsheim. Le village est dominé par le château de Guirbaden des Xe, XIe, XIIe et XIIIe siècles, il est classé aux Monuments historiques depuis 1898. L'église Saint Joseph a été construite en 1837, quant à la chapelle de la Vierge dite Kloesterlé, au lieu-dit "Laubenheim", elle date de 1135. Le portail roman et l'autel baroque sont inscrits aux Monuments Historiques depuis 1937 et la chapelle depuis 2014.